Malaysia yang mengandungi Persekutuan Tanah Melayu, Singapura, Sabah dan Sarawak telah diisytiharkan pada 16 September 1963. Serentak itu juga, Indonesia dan Filipina tidak mahu memberikan pengiktirafan diplomatik ke atas negara baru itu dan kedua kedua negara berkenaan telah memutuskan perhubungannya dengan Persekutuan Tanah Melayu.Kerajaan Filipina terus menentang penubuhan Malaysia apabila menuntut Sabah sebagai sebahagian dari wilayahnya. Sementara perbalahan di antara Indonesia dengan Malaysia juga terus berpanjangan sejak 13 Februari 1962 apabila Presiden Sukarno mengisytiharkan Malaysia sebagai projek neokolonialisme yang mesti diganyang. Keadaan ini menjadi tamparan hebat buat pemimpin Malaysia terutamanya Tun Abdul Razak untuk menangani masalah konfrontasi tersebut. Presiden Sukarno mendakwa pengumuman tarikh Malaysia adalah bertentangan dengan "manila accord". Tun Abdul Razak terpaksa mengulas dakwaan tersebut dengan menjelaskan bahawa Malaysia wujud selepas kerajaan-kerajaan tersebut terlibat yakni Singapura, Sabah dan Sarawak mengesahkan perjanjian Malaysia. Tun Abdul Razak menganggap bahawa dalang disebalik penentangan Indonesia kepada penubuhan Malaysia "adalah datangnya daripada Parti Komunis Indonesia" Natijahnya, Malaysia dan Indonesia mempunyai persepsi dan pendapat yang berbeza mengenai ancaman komunis di Asia Tenggara. Sikap kedua-dua negara mengenai keserantauan juga berbeza apabila usaha Malaysia untuk memupuk persefahaman dan kerjasama serantau ditolak oleh Indonesia. Indonesia menganggap pertubuhan serantau sebagai lanjutan wawasan kolonialisme. Indonesia terus melancarkan konfrontasi secara agresif dengan memutuskan segala hubungan dengan Malaysia, termasuk dari segi diplomatik, ekonomi, sosial dan komunikasi serta ancaman ketenteraan dan pencerobohan ke atas negara ini. Tun Abdul Razak menganggap Indonesia menjadi ancaman besar kepada keselamatan dan pertahanan Malaysia.Namun begitu, peristiwa pencerobohan tentera Indonesia di daerah Kalabakan, Sabah pada 29 Disember telah menguatkan lagi azam Tun Abdul Razak untuk mengambil langkah bersepadu bagi mempertingkatkan pertahanan dan keselamatan negara. Selain aspek pertahanan, Tun Abdul Razak turut mengambil langkah diplomatik dalam menyelesaikan masalah konfrontasi tersebut. Pada awal bulan Februari 1964, Tun Abdul Razak telah menjadi wakil Malaysia bagi Persidangan Peringkat Menteri di Bangkok. Dalam persidangan ini, Indonesia diwakili oleh Dr. Subandrio dan Filipina pula setiausaha luarnya, Salvador P. Lopez. Mesyuarat tiga pejuru ini dipengerusikan oleh menteri luar Thailand, Thanat Khoman. Pada mulanya, Malaysia berat hati untuk menyertai rundingan tersebut, namun atas desakan Robert Kennedy dan jaminan yang diberikan oleh Thanat Khoman bahawa Sukarno dan Macapagal mahukan keamanan mendorong Tun Abdul Razak untuk menyertai rundingan itu.